По време на разкопки на новоткритата църква в Созопол до Източната порта на древния град е открит от археолозите Цоня Дражева, директор на Бургаския регионален музей и Димитър Недев,директор на Археологическия музей в Созопол голям и отлично запазен оловен печат на византийската императрица Теодора.
Светлина върху историческите събития от онова време и предположения за още един манастир на територията на Созопол прави директорът на Националния исторически музей Божидар Димитров.
Императрица Теодора е управлявала еднолично империята от 11 януари 1055 г. до 31 август 1056. Но нейният бурен политически живот започва много по-рано, когато на 19 април 1042 г. става съимператрица на сестра си Зоя. Властолюбивата Зоя през юни същата година я обвинява в близки любовни отношения с последния български цар Пресиан II и я заточва в манастир. За съжаление източниците не сочат точно къде и в кой град е изпратена Теодора. Дали това може да е Созопол? Богатият търговски град точно в ХI век е място за заточение в многобройните манастири около него. Там са пращани видни личности. Древните източници съобщават, че там са заточени Лъв, епископ на Халкедон, и Соломон, съветник в императорския двор.
Оловните императорски печати обикновено скрепяват дарствени грамоти, чрез които се дават пари за възстановяване на манастири или големи поземлени имоти.
Печатът на Теодора е единственият открит засега в българските земи. За краткото си управление тя едва ли е успяла да разпише много дарителски грамоти. От какво е предизвикан жестът й към созополската църква, която е част от манастирски комплекс? Единственото възможно обяснение е, че тя е била заточена именно тук. И, останала доволна от отношението към нея от страна на монахините и гражданите на Созопол, богато е възнаградила манастира. А дали тук не е бил заточен любовникът й – българският цар Пресиан II? Първият му опит за преврат минал без последствия. И той организира втори, също неуспешен. Този път обаче Пресиан II е ослепен и изпратен в манастир. На пръв поглед изчезва за историята, но през 1978-а бе открит негов гроб със съответния надпис в тогавашна Чехословакия. В дългия си път към тази земя той може и да е пребивавал в манастира в Созопол. Известно е, че Теодора го е обичала безумно и не се е женила никога. Тя е толерирала рода на Пресиан II. По време на управлението й Арон, братът на Пресиан, командващ крупна войскова част, загубил сражение със селджуките. Вместо да го уволни, Теодора го повишила в ранг.
При работа с архивни документи бе открито и името на манастира. В грамота на Вселенския патриарх Йеремия II от 1579 г. манастир в Созопол „Св. Николай Чудотворец“ се присъжда заедно с имотите си на манастира „Св. Иван Предтеча“, пак в Созопол на остров Св. Иван. Още гръцкият историк Ламперидис в книга, излязла в Солун през 1993 г., предположи, че този манастир е различен от манастира „Св. Николай Помощник на бедните“ в гр. Черноморец. Ламперидис изтъква, че е невъзможно в документ, засягащ имоти, да се сбърка името на манастира, тъй като документът става невалиден. Но естествено тогава не е било известно къде точно е бил разположен този манастир и Ламперидис си оставя вратичка за евентуална грешка. Грешка няма. Нормално е впрочем един храм, който е построен за моряците от пристанището, да носи името на техния покровител.
